党的基层组织的组织制度是指党的基层组织和党员在党的组织活动中所必须遵守的带有固定性的办事规程或行为准则。它是民主集中制的组织原则在党的基层组织工作中的具体运用，是使基层党组织完成党的各项任务的物质保证。
一、党员大会和党员代表大会制度。党员大会和党员代表大会是党的基层组织的最高权力机关和领导机关。按期召开党员大会或党员代表大会，是实现党的民主集中制的一项根本制度，是发扬党内民主，健全党内民主生活的一项根本内容，是党员行使自己管理党内事务权利的最主要渠道。只有定期召开党员大会或党员代表大会，发挥党的基层组织的最高权力和领导机关的作用，才能及时解决党的基层组织在坚持“一个中心、两个基本点”和进行社会主义现代化建设中遇到的各种重大问题，保障党章规定的党的基层组织各项任务的实现，从而更好地发挥党的基层组织的战斗堡垒作用和党员先锋模范作用。党员大会和党员代表大会的基本职能是：（1）传达、学习党的路线、方针、政策和上级党组织的指示、决议，结合本单位的实际情况，讨论、制定贯彻执行的计划、措施 （2）听取、讨论和审查基层党委（总支部、支部）及同级纪检委的工作报告；（3）讨论决定发展新党员、党员转正问题，讨论决定对党员的表彰或处分；（4）选举党的支部（总支部）委员会或党的基层委员会及出席上级党的代表大会和代表会议的代表。讨论罢免、撤换不称职的党委（总支、支部）委员及出席上级党代会和代表会议的代表；（5）讨论决定本组织的其它重要问题。
为更好地发挥党员大会和党员代表大会的职能作用，必须健全和完善党的基层组织的党员大会和党员代表大会制度。
第一，充分认识健全和完善党的基层组织党员大会和党员代表大会的意义。党的基层组织的党员大会和党员代表大会是党的基层组织的最高权力机关和领导机关。只有党员大会或党员代表大会才能集中和反映全体党员的意志，代表党员群众行使权利。
第二，必须按期认真地召开党员大会或党员代表大会。党的基层组织的党员大会或党员代表大会能按期召开，是党组织生活是否正常的一个重要标志。只有按期召开，才能使党的基层组织的各项工作在充分发挥广大党员积极性的前提下顺利进行，才能使党的基层组织民主生活正常化、制度化。而目前在党的基层组织生活中，存在的一个严重问题，就是不能定期召开党员大会或党员代表大会，以干部会议或工作会议来代替。这种做法不仅会削弱党员大会或党员代表大会的权威，而且还会妨碍党内民主生活的正常化和挫伤党员工作的积极性，影响党的战斗力的发挥。久而久之易形成少数人或个人决定重大问题的现象，妨碍党的领导决策的民主化、科学化。
第三，要充分发挥党员（党员代表）的作用。党员（党员代表）是党员大会（代表大会）的主体，他们能够全面地反映基层党组织的情况和党员群众的要求，所以，必须充分发挥他们的积极性，尊重他们的意见和要求，在实际生活中存在着一些形式主义东西，如会议不能就重大问题展开深入讨论，会议决议不能充分体现党员（党员代表）的民主权利等等。这些问题必须克服，否则，党员大会（代表大会）只是走过场，不能真正有效地发挥党员大会或党员代表大会的职能作用。
二、党的组织生活制度。健全和完善组织生活制度是搞好党的基层组织建设的重要环节。其中组织生活会，是党的组织生活的基本内容，通常是指党员参加所在支部的党员大会和党小组的组织生活会，以及基层党的领导班子的党内民主生活会。党章明确规定，每个党员，不论职务高低，都必须编入党的一个支部小组或其它特定组织，参加党的组织生活，接受党内外群众的监督。不允许有任何不参加党的组织生活，不接受党内外群众监督的特殊党员。党员通过参加组织生活会，可以接受党组织的教育、帮助和监督，加强党性修养和锻炼，增强组织观念，发扬优点，克服不足，更好地履行党员的权利和义务。同时，还可以对党的方针、政策、决议、指示和工作进行讨论，提出批评和建议，从而使党的基层组织的各项决策和工作更加符合实际。因此，组织生活会，是加强党员管理和监督，增强党性观念，促进党员充分发挥先锋模范作用的一项重要措施。其主要内容是：（l）组织党员学习政治理论、党的方针政策、党章和党的基本知识；（2）传达党中央和上级党组织的决议、指示，结合本单位的实际讨论本基层组织贯彻执行措施；（3）党组织向党员布置任务，提出要求；（4）党员向党支部或党小组汇报自己的工作和思想情况；（5）组织党员检查执行党章和《准则》的情况，在党内开展批评和自我批评；（6）分析群众的思想情况，反映群众的意见和要求，研究如何做好群众的思想政治工作；（7）讨论发展党员的工作计划，制定培养、教育和考察积极分子的具体措施，并检查落实情况，讨论预备党员的转正，总结发展党员工作的经验教训和其它的工作等。
建立健全党的组织生活制度必须做好以下几方面的工作；
第一，切实坚持制度。在一般情况下，党小组每月召开一次会议进行学习，交流思想，开展批评与自我批评，支部党员大会每月召开一次，报告工作，听取意见，讨论决定支部工作中的重大问题；党员领导干部的民主生活会每年召开一次，就贯彻执行党的路线、方针、政策及各自思想、工作、作风方面的问题，开展批评与自我批评，互相帮助，增进团结。
第二，要认真贯彻民主集中制的原则。在党内，一切重大问题都要经党员充分讨论。要充分发扬民主，保证党员对党的工作提出批评和建议的权利。党员要严格遵守党的纪律，保证党的方针、政策和决议的贯彻执行。在党内形成既有民主又有集中，既有自由又有纪律的生动活泼的政治局面。
第三，要正确开展批评与自我批评。认真开展批评与自我批评，是开好组织生活会的关键。因此，每一个党员，都要发扬批评与自我批评的优良作风。党员有缺点和错误，要勇于作自我批评，特别是支部主要领导成员，要以身作则，做出表率。在开展批评时，要采取实事求是、与人为善的态度，坚持团结——批评——团结的方针。既要反对伤害同志的“左”的做法，也要反对“明知不对，少说为佳”的自由主义态度。通过积极的思想斗争，达到分清是非、增强党性、互相帮助、加强团结的目的。
第四，要注重实际效果。生活会要坚持制度，定期召开，同时要注重质量。党的基层组织既要不断提高党员参加党的组织生活会的自觉性，又要做好会前准备工作，这是提高组织生活会实际效果的重要环节。做到开会要解决的问题，事先要认真研究确定并通知党员，以便做好充分的准备。开会时要注意引导大家围绕中心议题发言，注意防止不着边际的漫谈，使每次生活会都能收到实际效果。
三、党内选举制度。党内选举制度是指有关选举党的各级领导机关和党的各级代表大会代表所必须遵循的各项制度的总称，它是党的组织制度的重要组成部分，是实现党内民主的一项重要制度。党内实行选举制度，能够调动广大党员的积极性，充分行使党员的权利，同时也能提高党员干部对党和人民负责、对上级和对下级负责一致性的政治责任感。党内选举制度的实施情况，在一定程度上标志着党的民主化的程度。因此，《党章》和《关于党内政治生活的若干准则》对党内选举制度的程序、原则等作了基本的规定。党的基层组织既要遵循党章和准则的规定，又要根据基层党组织的自身特点，建立健全党的基层组织的选举制度。党的基层委员会一般由党员大会选举产生，党员人数在500名以上的党的基层委员会，经上级党组织批准，可以由党员代表大会选举产生。总支部委员会、支部委员会由党员大会选举产生。党的基层委员会、总支部委员会、党的纪律检查委员会的委员，以及党员代表大会的代表，均实行差额选举。党的基层组织的选举制度的主要内容包括：选举名额的确定、候选人的酝酿提名、候选人的产生、选举领导机构的产生、候选人情况介绍、规定投票方式和当选计票方法、进行选举、公布选举结果和确定当选人等的基本要求或应遵循的原则。按照这些程序办事，是搞好选举工作的必要保证。
第一，坚持党员大会或党员代表大会制度，按期改选党的基层委员会、总支部委员会和支部委员会。坚持党员大会或党员代表大会制度，充分发挥其最高领导机关的应有职能，认真行使选举的职权，是党的基层组织建立健全选举制度的基础。只有坚持这一制度，才能使党的基层组织的选举制度沿着正规化、科学化、民主化的方向发展；否则选举制度只能是流于形式或落空。另外，还要按期改选，按照党章规定的党的基层委员会每届任期三或四年，总支部委员会、支部委员会每届任期两年或三年，任届期满要及时进行换届选举。
第二，要认真执行选举制度，坚持实行差额选举制度。所谓差额选举，就是候选人多于应选人的不等额选举。与等额选举相比，实行差额选举可以使选举人在选举中有所选择，更好地体现选举人的意志，保障党员充分行使自主的选举权，提高党员的参与程度。一般来说，党的基层组织选举中代表候选人数与应选人数的差额不少于应选名额的20％；党的基层委员会、总支部委员会、支部委员会和纪律检查委员会候选人数与应选人数的差额不少于应选名额的20％。在党的基层组织中由于党员之间彼此了解，情况熟悉可以进行直接选举，在进行选举时，可以不提候选人，但一定要经过充分酝酿，在酝酿成熟的基础上，然后再进行直接的投票选举。总之，这种选举，能使党员充分地行使自己的选举权利，真正体现全体党员的意愿，扩大党内民主。
第三，要严格按照选举程序，选举充分体现选举人意志，保障党员民主权利。在选举中，候选人提名方式是否民主，是能否体现选举人意志的关键环节，也是民主选举的基础。所以，候选人的提名要坚持自下而上的原则，充分地发挥党员群众推荐的作用。候选人的名单要经党组织和选举人充分酝酿讨论，根据多数人的意见确立，防止事先定人头，划框框，或不经法定程序随意增减候选人的做法。在酝酿候选人时，应实事求是地向选举人介绍候选人的个人简历、政策水平、思想品德、工作实绩等有关情况，可以提供本人述职报告、组织考察结果和群众评议情况，也可以让候选人与选举人直接见面，面对面地回答问题，以增进选举人对候选人情况的全面了解，以利于选举人正确行使民主权利，增加党内政治生活的公开程度。
四、外出党员管理及党员（含入党积极分子）档案关系交接制度
㈠建立党支部
党员集体外出学习、工作，半年以上需建立临时党支部，超过一年以上需建立正式党支部，设书记一人，委员若干。支委选举产生过程按党章规定进行，结果报学院党委审批。
1、建立党支部的重要意义。有利于增强党组织的战斗力，有利于更好地发扬民主，健全党内民主生活，有利于党的干部接受党员和群众的监督，密切党群关系，有利于增强党员的组织观念和纪律性。
2、外出学习、工作的党员的管理
按照党员管理制度的要求，对外出学习、工作的党员必须进行管理。党员外出学习、工作，必须履行请假手续，报上级党组织备案。党员集体（3人以上）外出学习、工作，超过半年以上的，党员所在的基层党委、直属总支、支部，必须及时报告学院党委组织部，并提出建立外出学习、工作党员的党支部的意见、建议，形成书面报告，以备上报学院党委审定。
3、以上新建立的党支部，原则上继续归党员原所在基层党委、党总支领导并指导工作。
㈡建立党员（含入党积极分子）组织关系交接制度
1、发展党员职权范围
为进一步明确党员、入党积极分子材料交接责任，首先必须确定基层党委、直属总支、支部发展党员的职权范围及发展党员程序（党员发展程序已另有明确规定，本制度中不再重申）。为此，各基层党委、总支、直属支部发展党员的职责范围确定如下：
附属医院党委：负责本院职工和分管（非它系所属）学生的组织发展工作。
机关党委：负责机关党委系统职工和部分学生的组织发展工作。拟发展的党员需按程序报学院党委审批。
基础医学部党委：负责本部内教职工和分管学生的组织发展工作。拟发展的党员需按程序报学院党委审批。
各系党总支、直属支部：负责本系内教职工、学生的组织发展工作。拟发展的党员需按程序报学院党委审批。
为进一步加强附属医院发展学生党员的工作力度，附属医院建立学生党支部，设书记、副书记各一人。书记除负责党支部全面工作外，要指导组织委员侧重抓好附属医院本部的发展学生党员工作。副书记在书记的领导下，指导组织委员侧重抓好在其它医院学习、实习学生的组织发展工作。
为全面贯彻落实好全国、全省党建会议精神，切实做好新形势下的发展学生党员工作，基础医学部党委、各系党总支要专门建立（下设）学生党支部。学生党支部在抓好支部全面工作的基础上，要把做好发展学生党员工作做为党支部工作重中之重切实抓好。要加大在优秀在校大学生中发展党员的力度。针对当代大学生的特点，开展多渠道、多层次的思想政治教育，把各项培养措施落实到位，及时把那些经过党组织培养教育具备党员条件的优秀学生吸收到党内来。
2、建立党员（含入党积极分子）档案材料的交接制度
为使党员（含入党积极分子）档案材料管理工作进一步规范化、制度化，不断提高科学管理水平，明确档案材料的交接责任，结合学院的工作实际，制定本制度。
党员（入党积极分子）档案的管理职责：
学院（含附属医院）教职工中正式党员的档案材料归入人事档案。学生中正式党员的材料由基层党委、直属总支、支部直接管理。附属医院的学生正式党员由其学生党支部直接管理。
预备党员、入党积极分子的档案材料由积极分子所在党支部负责管理。
各基层党委、直属总支、支部书记是党员（入党积极分子）档案管理的第一责任人，各基层党组织（含下属党支部）都要安排专人负责管理党员（入党积极分子）档案。
⑴建立工作制度和登记簿册
工作制度包括查阅制度、收集制度、转递制度（指支部内党员之间的）、检查核对制度（指上级党组织检查下级党组织）、递交材料归档制度。
登记簿册包括：党员（入党积极分子）档案材料综合记录簿、交接档案材料登记簿、接受档案材料登记簿、转出档案材料登记簿、缺少档案材料（内容）登记簿。
⑵建立交接制度
交接内容：
交接的党员（入党积极分子）档案材料应包括以下内容：
党员档案材料：入党申请书、转正申请书、自传、政审材料、入党志愿书。
预备党员档案材料：入党申请书、思想汇报、自传、政审材料、党校培训材料、发展对象综合报告、团组织推荐表、学习成绩单、预备党员考察写实表、征求党内外群众意见记录。
入党积极分子（重点）档案材料：入党申请书、思想汇报、政审材料、党校培训材料、入党积极分子写实表。
一般入党积极分子档案材料：入党申请书、思想汇报、入党积极分子写实表。
交接要求：
在遇到下列情况时，应及时、完整、准确、安全地将党员(预备党员)、入党积极分子等档案材料转递给新的组织（人事）部门或基层党组织。
①预备党员转为正式党员。
②支部换届改选。
③教职工党员（预备党员）调离本单位。
④学生党员（预备党员）、入党积极分子、递交入党申请学生转入临床学习（实习）、专科考入本科、专业变动或毕业就业（考取研究生）到新的单位。
⑤党员（入党积极分子）所在基层党组织改变上下级隶属关系，撤消或并入新的基层党组织。
⑥符合③④⑤款要求的要同时把党组织关系迁到组织部，并注明去向。
转递要求：
党员（预备党员）、入党积极分子档案材料须通过机要交通转递或派专人送取，不准邮寄（含特快专递）或交党员、入党积极分子本人自带。
①教职工预备党员转为正式党员，各基层党委、总支、直属支部应按干部（人事）管理权限，一周内将党员档案材料及时上交组织（人事）部门，装入本人人事档案。
②学生预备党员转为正式党员，各支部应及时将党员档案材料上交给基层党委或总支管理。附属医院继续由学生党支部负责管理。
③各基层党委、总支内党员（预备党员）、入党积极分子隶属关系发生变动时，应在两周内将党员（入党积极分子）档案材料交接完。基层党委、总支应及时将变动、交接情况报组织部备案。
④学生毕业时，各基层党组织提前一周将党员（预备党员）、入党积极分子、递交入党申请学生档案材料完备的交到学生就业指导中心，由就业指导中心移交其毕业后所去单位。（毕业生党员暂时找不到工作单位的、档案在学校存放的同学，组织关系转回家庭居住所在地街道、社区、乡（镇）党组织，入党的档案材料一并转出）。
⑤学生由原党组织转到其它基层党组织所属单位学习（实习）时，应在两周内把这些学生中的党员（预备党员）、入党积极分子、递交入党申请学生档案材料，转交给新的基层党组织继续培养、教育。
⑥各基层党委之间，可以直接转递党员（预备党员）、入党积极分子、递交入党申请学生档案材料。转出的档案材料须及时、完整、按规定整理装订，不得有零散材料，也不得扣留材料和分批转出。接收档案材料的党组织，有权拒收整理不合格的（含各项表册填写不全，写实时间不够、不准确等问题）档案材料。
⑦转递档案必须详细填写交接档案材料登记簿。双方党组织负责人、档案材料管理人员、交接人均需签字，并注明交接时间及意见。转递结果及时报组织部备案。